Debido a que el puerto de Buenaventura presenta diferentes limitaciones en cuanto a la profundidad de sus aguas y problemas con relacion al incremento de los sedimentos producidos por el rio Dagua sobre la bahia que aumenta los costos de dragado, empresarios del Valle del Cauca propucieron la construccion de otro terminal maritimo sobre el Pacifico colombiano; aqui surge la propuesta de construirlo sobre Bahia Malaga dada la profundidad de la misma con lo cual puede ser un puerto de aguas profundas, propuesta que llevo a varios grupos de ambientalistas y a la autoridad ambiental (CVC) a oponerse al planteamiento. Sin embargo, Bahia Malaga es una zona de gran importancia ambiental y social, pues alberga una inmensa diversidad de especies de fauna y flora, continental y marina, lo cual soporta la hipotesis de que este sitio es un refugio pleistoceno, e inscribe el area como parte de los Hot Spots de la conservacion de naturaleza a escala planetaria. La bahia es reconocida mundialmente por ser uno de los sitios de destino de la migracion estacional de poblaciones de la ballena jorobada (Megaptera novaeangliae), la cual arriba a sus aguas c�lidas y calmadas para criar a sus ballenatos y con fines reproductivos. En esta area tambien se encuentran comunidades afrodescendientes bajo la figura de consejos comunitarios como La Plata - Bahia Malaga, Ladrilleros, Juanchaco, La Barra y Puerto Espana - Miramar.
La polemica se presenta entre claros intereses, por un lado la construccion de un puerto de aguas profundas apoyada por los empresarios y por el otro la declaracion de reserva natural. Por la presion de los grupos ambientalistas, finalmente Bahia Malaga es declarada Parque Nacional Natural Uramba Bahia Malaga, con la Resolucion 1501 del de agosto de 2010 que comprende 47.094 hectareas (equivalentes a millas nauticas cuadradas). Los limites de su area de influencia son el rio San Juan al Norte, al Este la carretera de acceso a la Base Naval de Bahia Malaga, al Sur la costa del Istmo de Pichid� y al Oeste el Mar Territorial.
A escala regional, el parque se articula al Corredor de Conservacion con los Parques Nacionales Naturales Farallones de Cali y Munchique. El PNN Uramba Bahia Malaga complementa las figuras de ordenamiento que hacen parte del Mosaico de Conservacion de la Region de Bahia Malaga, articulandose de manera funcional con otras, como resguardos indigenas, territorios colectivos de comunidades negras, el Distrito de Manejo Integrado - (DMI) y el Parque Regional Natural (PNR) de la Sierpe, bajo responsabilidad de la corporacion Autonoma Regional del Valle del Cauca (CVC).
La zona presenta diferentes conflictos que segun la Universidad del Valle, el Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras Jose Benito Vives de Andreis (INVEMAR) y el Instituto para la Investigacion y la Preservacion del Patrimonio Cultural y Natural del Valle del Cauca (INCIVA) en el ano 2006 se identifico que las areas susceptibles de Amenazas en la Bahia Malaga por explotacion de recursos faunisticos son: Los Negritos, Los Negros, Isla Monos-Cabez�n, Archipi�lago de La Plata, Aguacate-Iguanero, Valencia, El Tigre y Luisico. Por Bioerosion: Isla Palma y Morros, La Despensa y Curichiche. Por Turismo: La Barra-Juanchaco-Ladrilleros y Chucheros. Por tala de bosque: Punta Alta-Base Naval y LaSierpe, Aguacate-Iguanero, Valencia y Luisico. Lo que claramente se intensificara con la construccion de un puerto de aguas profundas en dicha zona.
En el area proyectada para la construccion del puerto se estima una perdida directa de zonas de acantilados y bosques de colina ubicados en la costa occidental de la bahia, al igual que una intervencion de zonas sumergidas del borde costero, en un transepto de aprox. 410 m y en una profundidad hasta de 5.5 m. Sin embargo, esta perdida de cobertura de los acantilados y bosques de colina, ampliamente representados en toda la bahia, podria ser amortiguada gracias a las grandes extensiones existentes de estos ecosistemas, cuestion que no es compartida por el experto espanol de la Universidad de Cadiz (Juan Barrag�n) que considera inviable la construccion del puerto en esta zona.
Segun un estudio de Prefactibilidad Ambiental y Social sobre la Construccion de un Puerto de Aguas Profundas en Bahia Malaga, Pacifico Colombiano, encargado a la Universidad del Valle se evaluaron las figuras de conservacion que podrian aplicar para ser establecidas en Bahia Malaga, las cuales pretenden que se implemente la conservacion de la base ambiental de la bahia pero que permite igualmente el desarrollo de actividades productivas sostenibles que armonicen el ingreso de recursos para el mejoramiento del nivel de vida de las poblaciones asentadas en la Bahia; este informe evidencia la posibilidad de que en el area se construya el Puerto, acudiendo a los argumentos de la sostenibilidad; sin embargo el mismo informe muestra las expectativas en torno al proceso territorial de la Bahia, en la cual los pobladores se encuentran mas identificados con la declaracion de un Parque Nacional Natural que segun sus opiniones representa una alternativa de desarrollo dadas las dinamicas tradicionales de interaccion con el medio natural.
Existen en la actualidad inquietudes de la poblacion en relacion con aspectos tales como el manejo de los recursos naturales en un PNN (Parque Nacional Natural), las estrategias de control territorial, las posibilidades de vinculacion laboral de los nativos.
En general la construccion de un puerto de aguas profundas en la zona de Bahia Malaga, genera desconfianza, debido a los procesos que han generado otros puertos en el Pacifico colombiano. Las diferentes organizaciones de Justicia Ambiental celebran la declaracion nacional de Parque Natural en Bahia Malaga, pero se encuentran expectantes frente a nuevas propuestas contrarias a su conservacion. Por su parte los empresarios siguen insistiendo, mientras los grupos ambientales estan muy atentos al desarrollo de esta propuesta.
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