En 1945 obtuvieron su propia constitución y en 1953 la organización de justicia.

Los Kuna Yala son uno de los grupos indígenas panameños que en un principio vivían en territorio continental y que posteriormente se trasladaron a las islas caribeñas en donde hoy sufren de los efectos del cambio climático. Sus principales actividades son la agricultura, la pesca artesanal y el turismo.

Según un estudio del STRI (Instituto Smithsonian de Investigación Tropical) estimó que desde 1910, el nivel del mar en los territorios de la comarca Kuna Yala subió 15 centímetros y seguirá subiendo 1.5 milímetros cada año.

Así también, el mismo Instituto concluye que el aumento de la temperatura del nivel del mar ha aumentado en esa zona en los últimos 20 años en un 0.12 % anual. En 1994 la temperatura era de 28.4 °C y en 1998 aumentó a casi 29 °C (28.9 °C) produciendo así impactos en los recursos marino, como el blanqueamiento de los corales del cual dependen un centenar de especies.

Debido al aumento del nivel del mar, los indígenas Kuna Yala se han visto obligados a extraer arrecife de coral el cual utilizan como material de relleno para aumentar la superficie de sus islas. Esta acción según el Instituto Smithsonian socava una barrera natural lo que se traduce en mayor impacto de las tormentas tropicales.

El gobierno de Panamá aún no propone una alternativa a la comarca kuna en donde muchas familias tendrán que emigrar a territorio continental para no ver sus islas inundadas o devastadas por tormentas y huracanes. Algunas familias Kunas se rehúsan a migrar, no entienden por qué deben dejar sus tradiciones y modos de vida repentinamente.

En un foro organizado específicamente para comentar la amenaza del cambio climático, Ariel González, secretario del Congreso Kuna alegó lo siguiente: “Si nosotros no somos los que alteramos el medio ambiente, por qué lo tenemos que pagar”.

Actualmente el Congreso General Kuna Yala de la mano con la organización BALU UALA, una asociación de profesionales Kuna, IDIKY (Instituto para el Desarrollo Integral de Kuna Yala) y CREA (una asociación panameña para la investigación, la educación y la conservación) están implementando programas en las islas para concienciar y disminuir la extracción de los corales y educar para obtener mayores conocimientos sobre el cambio climáticos y sus efectos.

Sus principales amenazas no corresponden a un proyecto específico sino que a una problemática mundial: aumento del nivel del mar que amenaza la desaparación de las islas y el aumento de la temperatura del mar que amenaza los ecosistemas marinos del cuál dependen económica y culturalmente.