El túnel de la línea se planteó para reducir la accidentalidad y agilizar el transporte en el tramo Calarcá - Cajamarca de la vía que conecta Cali con Bogotá. Sin embargo, a raíz de esta obra desde el 2004 la comunidad de Calarcá ha sido afectada debido al vertimiento de residuos de obra en las principales fuentes hídricas que utiliza el municipio para el abastecimiento de agua para consumo humano. Además, 1.142 campesinos de veredas de Calarcá se vieron perjudicados debido a que con la construcción del túnel piloto, los nacimientos de los que tomaban el agua dejaron de suministrarla. Inicialmente la constructora “Unión Temporal Segundo Centenario” y la CRQ (Autoridad Ambiental del Quindío) aseguraban que se realizaba el tratamiento adecuado de los residuos, mientras que el acueducto del municipio mostraba estudios de laboratorio donde metales pesados, y compuestos tóxicos se hallaban en niveles superiores a los permitidos por la Resolución 2115 del 2007 para agua potable. Posteriormente, la construcción fue suspendida en múltiples ocasiones debido a que instituciones competentes reconocieron la contaminación hídrica generada. A pesar de las advertencias, la contaminación continuó y en noviembre del 2013 el Consejo de Estado ordenó sancionar a la empresa y al INVIAS por los perjuicios causados.