Se ha producido una mayor penetración del territorio por parte de otros grupos de actores, en perjuicio de los pueblos indígenas del Alto Paragua (principalmente del pueblo pemón), los cuales son abiertamente practicantes de la minería.

El Gobierno nacional, a través de la Fuerza Armada Nacional Bolivariana, ha impulsado desde el año 2003 varias políticas y planes para intentar enfrentar el problema de la minería ilegal en el Escudo Guayanés, pero estas han fracasado.

Los indígenas del Alto Paragua han denunciado agresiones y maltratos por parte de las fuerzas militares, los cuales restringen e impiden diversas actividades que permiten su subsistencia, en nombre de la lucha contra la minería ilegal. A su vez, han señalado la creciente presencia de bandas criminales que controlan las minas y perjudican sus medios de sobrevivencia. Pero las denuncias y reclamos sobre el importante impacto ambiental que se está produciendo en la cuenca de este río no son hechos por éstos, sino provienen fundamentalmente de grupos ambientalistas, activistas, estudios científicos, reportajes o del periodismo ambiental.

Un punto de inflexión en el conflicto se produce en el año 2011, cuando en el marco del Decreto Presidencial de septiembre de ese año para nacionalizar la actividad aurífera, son desalojados alrededor de 3.000 mineros de la mina Tonoro ubicada en el Alto Paragua. Indígenas protestan por esta medida. A fines de octubre de ese año, 13 de estas comunidades originarias del Alto Paragua amarran, desarman y retienen a 22 efectivos de la Armada y el Ejército, asegurando que estos se encontraban extrayendo oro de la mina que habían desalojando anteriormente, lo que hace más visible el conflicto y le da cobertura en medios de comunicación.

Indígenas del Alto Paragua toman el control de la mina Tonoro, anunciando que están cansados de los abusos, atropellos y humillaciones de los funcionarios militares; de las demoras en la demarcación de tierras que les pertenecen ancestralmente; en rechazo al decreto de nacionalización del oro (que les quitaría su fuente de sustento); y con el fin de recuperar el control de sus hábitats y territorios.

A partir de estos sucesos, se han producido intensas disputas por el territorio, con altos niveles de violencia, en las cuales están envueltas agrupaciones armadas irregulares y que ha generado un saldo importante en muertos.

En torno a la mina de Tonoro, los indígenas del Alto Paragua han creado la comunidad independiente de Musuk Pa, basado en sus propias leyes, donde gestionan los elementos básicos para la vida de la comunidad, como la salud y la alimentación. Dados los altos niveles de violencia que implica estas disputas por el territorio y la mina, han conformado sus propias rondas de seguridad y autodefensa.

Se trata de un conflicto muy complejo y particular, dado que, por un lado, los indígenas del Alto Paragua reivindican la minería, han prácticamente abandonado la actividad artesanal y usan maquinarias; por el otro lado, la dirigencia indígena ha dicho que esta actividad es básicamente para su sobrevivencia (construir escuelas, ser autónomos respecto al Estado). Líderes indígenas se han declarado proambientalistas, pero expresan que por el momento el asunto ambiental no es su prioridad y afirman que las condiciones de intensas disputas por sus territorios los han llevado a empezar a explotar ellos mismos estos recursos, procurando alcanzar la forma menos dañina para la explotación, con sus propias reglas comunitarias y que esta vez beneficie directamente a los habitantes de los territorios.

En el sector se practica minería aluvial principalmente de oro. Predomina la actividad con máquinas, pues se abandona la minería artesanal. Se ha estimado que en las minas de la zona han llegado a instalarse más de 4 mil mineros. La actividad se desarrolla a lo largo del río Paragua, teniendo como zonas sensibles La Paragua - río Asa – río Carún y ríos Oris-Los Picachos. La mina Tonoro, en el sector Manaima es una de las minas más importantes en este conflicto.

Existen grupos de carácter delincuencial muy violentos que controlan campamentos mineros. Estos han sido llamados “sindicatos mineros”. Por otro lado, pobladores indígenas pemón han denunciado que integrantes de las fuerzas militares han sido cómplices o participes de la minería ilegal, al explotarla directamente o bien permitir su ejercicio a cambio de ventajas económicas.

Indígenas pemón y de otros pueblos hacen también parte de la actividad minera ilegal. Un diagnóstico realizado en diciembre del 2013, como parte de un proyecto para la construcción de un complejo deportivo comunitario, encontró que uno de cada dos habitantes de la comunidad de Musuk Pa es dueño de máquinas mineras pequeñas.