Sumado a lo anterior la zona presenta grandes reservas de crudo por lo que desde el año 2000 se convirtió en una zona de interés para el gobierno nacional, realizando exploraciones y acuerdos para la extracción de petróleo. En 2002 Petrotesting inicia operaciones para la explotación de petróleo en la zona. En 2003 se crea la Asociación ACSOMAYO para fomentar la organización comunitaria, defender la vida y el territorio para la construcción del Plan Integral de Vida, como propuesta de desarrollo frente a la explotación extractiva del petróleo y la problemática socio-ambiental generada, el cual es aprobado en reunión interinstitucional y comunitaria en noviembre de 2005.

La explotación petrolera inicia en 2006 con la puesta en marcha de cinco pozos con una producción de 2.500 a 3.000 barriles diarios. En 2007 la empresa VETRA gana el contrato de exploración y producción para el Alea 1846-D de la Agencia Nacional de Hidrocarburos de Colombia (ANH). En 2008 esta empresa adquiere a Petrotesting ampliando su posición en el sector petrolero y se adjudica diversos contratos con la ANH, para consolidar el Consorcio Colombia Energy (CCE) ofreciendo diversos servicios en consultoría, prestación, exploración y producción de petróleo. En el año 2010 en la región se abren más pozos para un total de 9 pozos con una producción de 6.000 a 8.000 barriles diarios. En 2011 las comunidades del territorio de Puerto Vega - Teteyé se declaran en crisis humanitaria, realizando un bloqueo en la vereda de Santa María del municipio de Puerto Asís como medida de presión al gobierno departamental y la empresa VETRA, ante la nula respuesta de sus demandas por las afectaciones ocasionadas de la explotación de petróleo en el río San Miguel y la quebrada El Diamante, así como por la propuesta de Plan de Vida que presentan las comunidades y la violación de los derechos humanos e infracción de derecho internacional humanitario.

Para el año 2012 mediante Licencia Ambiental Global modificada 1930/2010, se aprueba la perforación de 39 pozos más y ampliación de locaciones existentes. Estas actividades generaran contaminación atmosférica, degradación de las fuentes hídricas y contaminación del suelo; lo cual se agrava con los atentados que sufre la infraestructura de la empresa por grupos al margen de la ley, quienes intervienen para desarticular la producción de petróleo en la zona y mantener el control político y territorial.

La Autoridad Nacional de Licencias Ambientales, ANLA, por solicitud de más de 58 organizaciones campesinas e indígenas, citó a Audiencia Pública, realizada el 31 de Enero de 2013 en el municipio de Puerto Asís. En el marco de la audiencia las comunidades denunciaron que la explotación de petróleo en el corredor Puerto Vega – Teteyé por parte de VETRA y CCE, han ocasionado grandes efectos sociales, económicos y ambientales. Por estas razones, las comunidades residentes en el corredor Puerto Vega – Teteyé, han reiterado su desacuerdo en lo relativo a la ampliación de la Licencia Ambiental para el CCE – VETRA.

En enero de 2014 la ANLA convoca a una audiencia pública para aprobar una modificación de la licencia ambiental del Consorcio Colombia Energy, referente a la construcción de hasta 100 nuevos pozos en un área de 12,000 hectáreas del corredor y extender un sistema para la captación de agua de los ríos San Miguel, Cuembí y Putumayo. Las comunidades se oponen rotundamente a estas intenciones, expresando su total rechazo, sin embargo en el mes de mayo 2014 mediante resolución 0551/2014 la modificación es aprobada por lo que las comunidades inician una protesta pacífica para solicitar el gobierno nacional la derogación de la sentencia. En septiembre del mismo año, las comunidades inician nuevamente un paro en contra de la producción y el tránsito de tractomulas tanque para la distribución de petróleo hacia Ecuador y Colombia, la comunidad es reprimida por el Escuadrón Antidisturbios del Gobierno Nacional (ESMAD) y la fuerza pública en constantes ocasiones para facilitar los trabajos de explotación de las empresas petroleras. El 15 de septiembre durante la inauguración del Primer Sistema Binacional de Descargaderos de Crudo entre Ecuador y Colombia, se presenta una violenta represión contra los manifestantes resultando cuatro heridos de gravedad y la muerte de Arnaldo Muñoz indígena de la comunidad Nasa.

Como se ha señalado, existe una relación inversamente proporcional entre la renta petrolera obtenida por las transnacionales y los padecimientos de las comunidades; luego los costos ambientales, sociales, económicos y culturales producto de la explotación petrolera, son abrumadoramente altos en comparación con la inversión para mitigarlos. Actualmente, la explotación en este territorio continúa sin escuchar a las comunidades que se mantienen en proceso de resistencia contra estas actividades, pugnando por alternativas como las reservas campesinas que permitan una mejor calidad de vida, solicitando la remediación a la contaminación en las fuentes de agua que genera la extracción de petróleo en la zona.