En 1985 se finaliza la hidroeléctrica La Salvajina para regular las inundaciones en el valle, aumentando la problemática al ocasionar le reducción del flujo de agua hacia la laguna, a esto se añade la introducción de especies invasoras (buchón de agua, tilapia, rana toro y la hormiga loca), la contaminación por industrias, la salinización y la eutrofización. Con estas modificaciones afectó el ecosistema, espacio de aves migratorias y a la población producto de la disminución de la pesca. En 1970 se da inicio a un proceso de concientización sobre la problemática que enfrenta este ecosistema y su importancia, lo cual involucró a estudiantes, comunidades, académicos, ONG, el objetivo fue impulsar la protección de la laguna como ecosistema estratégicos de la región por sus elementos culturales y paisajísticos. Logrando que mediante el Acuerdo CVC 17/1978 se declara “Reserva Natural Laguna de Sonso”. En 1980 se organiza una fuerte movilización demandando la presencia de autoridades que protejan la laguna e impulsando desde entonces investigaciones y reuniones para lograr definir los límites y prácticas que deben llevarse a cabo en la zona. En 1994 Colombia crea la ley 164/1994 donde adopta la Convención de Diversidad Biológica de Río de Janeiro de 1992, referente a adoptar medidas especiales para la protección del ambiente, tiempo después se crea la Ley 157/1997 donde se aprueba la Convención de Ramsar que fomente la conservación de humedales y aves acuáticas. Derivado de estas acciones en 2001 la Corporación Autónoma Regional del Valle del Cauca realiza un acuerdo con los diversos grupos para mejorar las condiciones de la laguna, entre las organizaciones se encuentran Asoyotoco y Aguas de Sonso. Sin embargo, una de las medidas adoptadas para la restauración lagunar propuesta por el municipio y la Cámara de Comercio de Buga en 1999 fue el reasentamiento de los caseríos de Puerto Bertín y La Palomera hacia una zona urbana de esta ciudad, ante lo cual una parte de la población se ha negado, manifestando que los que ya se trasladaron no tienen empleo, el cambio en el estilo de vida ha conllevado a problemas sociales. Esto sucede mientras que otras prácticas siguen afectando el proceso de delimitación de los predios con la laguna, aumentando la presencia de actividades ganaderas y la expansión del monocultivo de caña, lo cual no contribuye a mejorar las condiciones que la laguna requiere para cumplir con los requerimientos y ser declarada como sitio de importancia RAMSAR, promovido por el Comité Interinstitucional de la Laguna de Sonso desde el 2000. La Laguna es un lugar muy importante por ser refugio de una gran biodiversidad de fauna y flora. Se pueden observar 165 especies de aves, 24 anfibios y reptiles, 50 mamíferos, 31 especies de peces y 25 de flora arbórea. Además es un refugio de la flora y la fauna en peligro de extinción. De las 55 aves acuáticas, 22 son migratorias. De estas especies migratorias, nueve están en peligro de extinción y encuentran refugio y alimentación en el ecotono pantanoso de la laguna.