El conflicto ambiental y social que se presenta en la ciénaga de Ayapel se da por la explotación ilegal de oro en las quebradas y ríos que depositan sus aguas en este importante ecosistema.

Por largo tiempo, las comunidades asociadas a la Cienaga han desarrollado actividades económicas extractivas, como la pesca, la minería de oro, la extracción de arena y de los aluviones auríferos para la construcción de vivienda; así como otras de tipo agropecuario extensivo como la agricultura y la ganadería; entre otras actividades cuyos impactos negativos a la Cienaga y al ambiente eran moderados, permitiéndole conservar la riqueza hídrica y biológica que caracteriza esta región.

Los sedimentos del río San Jorge forjan suelos apropiados para la agricultura transitoria y permanente. A pesar de ello, no se han explotado eficientemente los suelos debido a la falta de prácticas agrícolas y ganaderas sostenibles.

Las importantes fuentes de agua de la región benefician a campesinos, agricultores, ganaderos y varios pueblos que se encuentran asentados en las orillas de las mismas, quienes sobreviven de lo que la Cienaga les da, entre estos el pescado que es la dieta principal de los habitantes; pero que lastimosamente esta siendo afectada por la minería ilegal de tipo aluvial que se presenta en la zona, pues las fuentes de aguas presentan un alto porcentaje de mercurio, elemento utilizado frecuentemente y en altas concentraciones con el fin de hallar y extraer el mineral de oro, generando graves consecuencias en la salud de miles de personas que están consumiendo el agua y pescado contaminado en los municipios de Puerto Libertador, San José de Urá, Ayapel y Montelíbano en el departamento de Cordoba.

El peligro que representa ese elemento químico no es la única consecuencia, la sedimentación y la erosión producto de la explotación del mineral ha causado avalanchas e inundaciones en la zona.

Este territorio ha sufrido la fuerte presencia de grupos armados quienes al beneficiarse de la actividad minera someten a la comunidad, impidiendo desarrollar acciones en contra de las explotaciones mineras ilegales en la zona de la Cienaga de Ayapel.

La situación es tan compleja que diferentes medios de comunicación han presentado notas en las que se evidencia la problemática y como respuesta a ello La Procuraduría General de la Nación manifiesta que este tipo de actividad, al permanecer en la ilegalidad, se aleja de cualquier régimen laboral que le permita a los trabajadores de las minas acceder a los beneficios de la seguridad social y ocupacional, y señala que una gran mayoría de quienes se ocupan en la minas ilegales son menores de edad y mujeres cabeza de familia.

En la actualidad, la problemática se mantiene. Pese a las denuncias las autoridades e instituciones nacionales continúan siendo débiles y flexibles para detener definitivamente el daño ambiental en la Cienaga de Ayapel.

La explotación minera de oro es de tipo aluvial, utilizando maquinaria pesada como Bulldozer o retroescavadora para extraer la tierra, con una motobomba se saca el agua del río o la Cienaga que se mezcla con la tierra que va sacando la retroescavadora.

El oro se decanta por ser el elemento mas pesado, luego cae en una tira clasificadora y ahí se utiliza para seleccionar laspartículas de oro, finalmente el mercurio corre hacia los cauces de agua mas cercanos que son depositados en la Cienaga de Ayapel.

Por cada gramo de oro que se extrae se necesitan dos gramos de mercurio, lo que indica que los niveles de contaminación en la región son altísimos, teniendo en cuenta la alta producción de oro en esa zona del país.

El mercurio es un metal pesado, dañino para la salud por inhalación, ingestión y contacto, los efectos nocivos del mercurio son transmitidos de la madre al feto y pueden causar daño cerebral, retraso mental, falta de coordinación, ceguera e convulsiones e incapacidad para hablar.