Los Farallones de Cali es el área protegida más extensa de la región de la cuenca media del río Cauca y la vertiente pacífico, agrupa gran variedad de ecosistemas, convirtiéndose en un gran reservorio de biodiversidad; la invasión de terrenos en los Farallones se considera un peligro al intervenir en una zona de gran relevancia ecológica, la presión ambiental a la que son sometidos estos ecosistemas, pueden comprometer el desarrollo de sus funciones y un colapso a futuro. La mala administración y procesos ilegales que se llevaron a cabo para la adquisición de terrenos en esta zona de conservación natural, comprende dos grandes problemáticas: una social debido a las personas que con falsos documentos vendieron predios en esta zona que no es permitido y dirigentes que en aprovechamiento de sus facultades realizaron procesos que no son legales, ocasionando así una invasión de terrenos que no le pertenecían a ninguna entidad privada o particular, sino al Estado.

Sin embargo, esta no es la única manera en la que se ve afectada la invasión de espacios naturales protegidos, sino también por el desplazamiento que han sufrido personas y en vista de que estos terrenos no son custodiados frecuentemente pues se hace más fácil el asentamiento de las personas, donde no sólo ocupan un espacio que no deben, sino que también lo explotan buscando satisfacer necesidades. Es por esto que la Superintendencia de Notariado y Registro y Parques Nacionales Naturales de Colombia han tenido que intervenir en estas zonas y hacer las debidas investigaciones.

La Minería ilegal es otro de los grandes conflictos que afectan a los Farallones de Cali, donde la explotación de oro, ya ha cobrado aproximadamente 242 ha., esta se efectúa desde hace varios años, pero se hizo énfasis en el daño que estaba causando cuando en el 2008 se realizó por parte de la Corporación Autónoma Regional del Vale del Cauca (CVC) un estudio de presencia de cianuro y mercurio en el agua, dando este positivo, despertando las alarmas sobre la contaminación que estas explotaciones mineras estaban causando, contaminando aguas que surten a la Planta de Tratamiento de Agua Potable del río Cali y la quebrada El Roble, que surte el acueducto del corregimiento de La Leonera en su cabecera y veredas como el Porvenir, Paujil y el Castillo. Las condiciones precarias en las que estos mineros estaban desarrollando sus actividades, fue también una de las razones para que se prestara más atención a la problemática y las entidades pertinentes empezaran a trabajar.

La actividad minera aurífera se ubicada principalmente en el corregimiento de Pichindé, vereda Peñas Blancas, en el Alto del Buey y el sector de minas el Socorro, donde la extracción de oro es el principal objetivo, en el proceso se utiliza cianuro y mercurio, componentes que son altamente contaminantes en las aguas y suelos. En el 2008 el Parque Nacional Natural Los Farallones advierte de la explotación minera en la zona y pide se expida un acta de suspensión, para lo cual la Procuraduría en el 2008 oficia el acta al alcalde; en el 2011 la Procuradora Ambiental y Agraria del Valle del Cauca impone una acción de tutela, por los resultados sobre contaminación de aguas con cianuro y mercurio; en el 2012 el alcalde de Cali Jorge Iván Ospina cumple con el fallo, visitando directamente la Mina el Socorro y clausurándola definitivamente. Sin embargo, desde esa misma época se siguen teniendo informes de que la minería ilegal continúa y antes se ha agravado más la problemática.

La Superintendencia de Notariado y Registro da cuenta que la invasión de terrenos en el Saladito, Felidia y Pichindé, se dan 2.353 irregularidades de apropiación de tierras, donde se han vendido predios que son propiedad del Estado. Se registran adjudicaciones de terrenos, posterior a la declaración de Los Farallones como Parque Nacional Natural, por el INCORA, entre 1970-1990. En 2015 la Administración de Parques Nacionales se ha registrado 148 socavones de trabajo minero, maquinaria, guayas y manguera negra para diversas actividades; menciona una afectación de 622 hectáreas de bosque andino y ecosistema de páramo, así como un cambio del cauce de la quebrada el Socorro, microcuenca del corregimiento Los Andes y afluente de la cuenca del río Cali.